為什么不能用質(zhì)粒DNA抽提試劑來(lái)提取基因組DNA？

導(dǎo)讀

    為什么同樣抽提質(zhì)粒DNA的試劑不能用來(lái)抽提基因組DNA呢？差別很大么？要買(mǎi)兩種試劑盒真是麻煩??！你還不要不相信，有小伙伴試過(guò)，還真沒(méi)抽提出來(lái)。今天小編就來(lái)和大家一起探究下原因！

基因組DNA的抽提，一般不會(huì)用到質(zhì)粒抽提的試劑盒，究其原因是由于兩者的原理*不同。兩者不都是DNA抽提么？其實(shí)關(guān)鍵在于這兩者在實(shí)驗(yàn)的初始設(shè)計(jì)上就*不同。先給大家解釋一下質(zhì)粒抽提吧。

質(zhì)粒抽提

質(zhì)粒抽提通常用的是堿裂解法，一般的試劑盒都會(huì)有 SolutionⅠ，SolutionⅡ，SolutionⅢ，有的還會(huì)有 SolutionⅣ，然后是過(guò)柱子。

SolutionⅠ

    SolutionⅠ一般都是用來(lái)重懸菌液的，會(huì)加入RNaseⅠ，降解掉里面大腸桿菌的RNA。同時(shí)里面還會(huì)用Tris-HEI體系來(lái)維持一個(gè)pH，另外會(huì)加入較大量的EDTA，去螯合掉里面二價(jià)金屬離子，使菌體本身的DNase失活。其實(shí)用雙蒸水來(lái)代替SolutionⅠ問(wèn)題也不大，關(guān)鍵就是把菌重懸起來(lái)就行。

Solution Ⅱ

    Solution Ⅱ，一般來(lái)說(shuō)主要成分有兩個(gè)，就是NaOH和SDS，NaOH主要是用于破壞細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)，強(qiáng)堿條件下，菌體的細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)、細(xì)胞的磷脂雙分子層和微囊結(jié)構(gòu)的構(gòu)相都會(huì)發(fā)生變化。而SDS在這里主要并不是起到裂解蛋白的作用，而是結(jié)合氨基酸，一般兩個(gè)氨基酸可以結(jié)合一個(gè)SDS分子。菌體裂解后，其實(shí)小片段的質(zhì)粒已經(jīng)釋放出來(lái)了，而大片段的基因組DNA還結(jié)合在蛋白質(zhì)上。

Solution Ⅲ

    Solution Ⅲ的主要成分是醋酸鉀/醋酸緩沖液。首先長(zhǎng)時(shí)間強(qiáng)堿環(huán)境下，DNA會(huì)斷裂，所以需要用醋酸進(jìn)行中和，而鉀離子可以與SDS產(chǎn)生沉淀反應(yīng)，使可溶于水的十二烷基磺酸鈉變成不溶于水的十二烷基磺酸鉀。這樣結(jié)合蛋白質(zhì)的PDS就被沉淀下來(lái)了，同樣基因組DNA也同樣被沉淀了下來(lái)，用硅膠吸附釋放在上清里的質(zhì)粒，或者用無(wú)水乙醇對(duì)上清進(jìn)行沉淀，即可獲得質(zhì)粒的DNA。

基因組DNA抽提

而普通的基因組 DNA 抽提，首先是裂解，用離子型的蛋白變性劑：CTAB 或者 SDS 對(duì)細(xì)胞進(jìn)行裂解（加不加蛋白酶 K 其實(shí)并不太要緊），破膜的同時(shí)使得 DNA 從蛋白上解離下來(lái)。 加入高鹽溶液使蛋白質(zhì)沉淀。然后用酚仿，使蛋白質(zhì)沉淀變性在水相油相間，并分離出的可溶性蛋白。上清用異丙醇將 DNA 沉淀下來(lái)，同時(shí)低溫加入一定量的一價(jià)陽(yáng)離子，可加速 DNA 沉淀。這些能和上述的質(zhì)粒抽提混為一談么？！當(dāng)然不行?。?nbsp;

小伙伴們現(xiàn)在能明白為啥基因組 DNA 不能用質(zhì)粒抽提的試劑了吧……