基因研究做引物設(shè)計(jì)，一定要知道轉(zhuǎn)錄本能干什么！

我們平常通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)查找某個(gè)基因的相關(guān)信息時(shí)，會(huì)發(fā)現(xiàn)該基因有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本。為什么一個(gè)基因可以有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本呢？轉(zhuǎn)錄本能干什么？ 

轉(zhuǎn)錄本其實(shí)就是基因通過(guò)轉(zhuǎn)錄形成的一種或多種可供編碼蛋白質(zhì)的成熟的 mRNA。 

一個(gè)基因有可能有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，原因是由于不同的剪接方式造成的。我們都知道，基因轉(zhuǎn)錄之后，首先是形成前體 mRNA，通過(guò)剪切內(nèi)含子連接外顯子，5’端加帽及 3’端加尾之后形成成熟的 mRNA。 但是在剪切的過(guò)程中可能會(huì)剪切掉外顯子，也有可能保留部分內(nèi)含子，這樣就形成了多種 mRNA 即多個(gè)轉(zhuǎn)錄本。

舉個(gè)栗子：這是一個(gè)三個(gè)外顯子兩個(gè)內(nèi)含子的基因結(jié)構(gòu)圖

該圖通過(guò)不同的剪接方式得到了四種 mRNA 即四種轉(zhuǎn)錄本（我只是列出了部分可能性），實(shí)際中可能該基因只具有其中的一種或兩種轉(zhuǎn)錄本，也有可能都具有。 

我們需要特別注意的是大多數(shù)基因有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，而且有可能每個(gè)轉(zhuǎn)錄本都會(huì)編碼產(chǎn)生相應(yīng)的蛋白，這樣就有可能造成一個(gè)基因有多種功能。 

我們平常研究某個(gè)基因時(shí)（該基因有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本），其實(shí)我們研究的是它的其中一個(gè)轉(zhuǎn)錄本所編碼的蛋白的功能。雖然該基因有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，而且每個(gè)轉(zhuǎn)錄本都編碼蛋白，但是一般情況下它的不同的轉(zhuǎn)錄本分布在不同類型的細(xì)胞中，當(dāng)然也有可能多種轉(zhuǎn)錄本同時(shí)存在于某一細(xì)胞中。

那我們研究該基因時(shí)應(yīng)該怎么做呢？ 

首先，我們需要確定我們應(yīng)該研究該基因的哪個(gè)轉(zhuǎn)錄本。 

因?yàn)槲覀兤匠Ｑ芯磕硞€(gè)基因的功能的時(shí)候，是因?yàn)樵摶蛟谀骋惶囟ǖ慕M織和細(xì)胞中表達(dá)， 它在這些組織和細(xì)胞中具有特定的功能，所以我們只需要確定該基因的哪個(gè)轉(zhuǎn)錄本在這些組織和細(xì)胞中表達(dá)即可。 

確定的方法當(dāng)然就是設(shè)計(jì)每種轉(zhuǎn)錄本特異性引物，然后通過(guò) RT-PCR 就可知道哪種轉(zhuǎn)錄本在組織和細(xì)胞中特異性表達(dá)。那這個(gè)轉(zhuǎn)錄本就是我們接下來(lái)要研究的。 

之所以要確定我們應(yīng)該研究哪個(gè)轉(zhuǎn)錄本，那是因?yàn)樗P(guān)系到引物的設(shè)計(jì)以及蛋白分子量的計(jì)算。 

當(dāng)我們研究某個(gè)基因的功能時(shí)，通常會(huì)抽提總的 RNA，然后反轉(zhuǎn)錄得到 cDNA，然后將 cDNA 連接到表達(dá)載體中轉(zhuǎn)化到原核或真核細(xì)胞中進(jìn)行表達(dá)，然后進(jìn)行接下來(lái)的研究。 

通過(guò)反轉(zhuǎn)錄獲得 cDNA 時(shí)，引物的設(shè)計(jì)就是根據(jù)轉(zhuǎn)錄本設(shè)計(jì)的。而且之后我們會(huì)將表達(dá)的蛋白跑電泳后進(jìn)行分析，那蛋白的大小是如何計(jì)算的呢，當(dāng)然也是通過(guò)該轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白的 氨基酸序列計(jì)算的啊。